Un día antes del tercer aniversario del trágico accidente aéreo que acabó con la vida de la mayoría de su plantel, el Chapecoense descendió a la Serie B brasileña.
El equipo de Chapecó perdió 1-0 con el Botafogo y quedó a nueve puntos de la zona de permanencia, cuando quedan todavía quedan tres fechas y tiene desventaja directa con el Ceará. El descenso culminó un mal año en todos los sentidos para el Chapecoense, que enfrenta graves problemas económicos y deportivos.
Tras el accidente aéreo que sufrió el 28 de noviembre de 2016 en Colombia, donde se dirigía para disputar la final de la Copa Sudamericana, el club logró rehacerse rápidamente, pero no lo pudo sostener en esta temporada.
En aquel momento, tras el accidente, varios equipos de la Serie A brasileña optaron por ceder jugadores al Chapecoense y facilitar contrataciones, con lo que en 2017, además de debutar en la Copa Libertadores como simbólico ganador de la Copa Sudamericana, logró finalizar en una meritoria octava posición en el Brasileirao, logrando nuevamente el ticket para la máxima competición continental.
En 2018, el equipo ya no logró el mismo rendimiento. Eliminado en la fase previa de la Libertadores por el Nacional uruguayo, el Chapecoense solo logró salvarse en el Brasileirao en la última jornada, cuando venció por 1-0 al San Pablo y finalizó decimocuarto, dos puntos por encima del descenso. Este año no pudo y la próxima temporada jugará en la segunda.